少年三国志2的神兽系统是提升队伍战力的核心组成部分，其使用始于系统的解锁与神兽的获取。玩家角色等级达到60级后，系统会自动解锁，在主界面下方点击神兽即可进入。系统初期会赠送紫色品质的巨猿作为入门引导。更高级的神兽需要通过多种途径收集碎片进行合成，例如日常挑战神兽秘境可以获取猞猁、机关鸟等橙色或红色神兽碎片，而金色乃至紫金品质的神兽，如穷奇、青鸾、离火天宫等，则主要依赖于富甲天下等限时活动兑换或高阶玩法概率掉落。获取神兽后，首要任务是进行培养，通过消耗兽魂、口粮等资源进行升级和升星，升星能大幅强化技能效果，例如高星级的灵犀可以获得强制眩晕能力。每解锁一只新神兽都会激活图鉴，为全队提供永久的属性加成，因此广泛收集不同神兽也是提升整体实力的隐藏途径。
理解神兽的技能机制与触发条件是有效使用的关键，不同神兽根据其技能特点大致可分为攻击、防御、控制和辅助等类型。神兽技能并非主动释放，而是根据战斗中的特定条件自动触发，例如穷奇在战斗开场时立即触发，具有减怒和灼烧效果；机关鸟则在敌方有武将阵亡时，对后排造成无视防御的伤害并附加灼烧状态；而青鸾在我方全体血量首次低于50%时触发，提供群体治疗和随机无敌状态。这种设计要求玩家必须熟知自己所携带神兽的触发逻辑，例如携带机关牛时，就需要预估我方武将的阵亡时机来触发其强力的反击效果。技能的释放时机直接左右战局走向，因此根据预期的战斗节奏选择合适触发机制的神兽至关重要。
神兽的实战运用需紧密结合具体的战斗场景与自身阵容构成，在PVP和PVE玩法中存在不同的选择策略。在竞技场、王者竞技等PVP环境中，控制与先手优势尤为重要，因此开场触发的穷奇、第一回合结束后触发高伤控场的灵犀、以及能提供续航和反打机会的青鸾都是优先选择。在主线副本、无双试炼等PVE玩法中，则更侧重于持续的伤害输出与清场效率，穷奇、灵犀、机关鸟以及能对低血量目标造成额外打击的猞猁表现更佳。神兽选择还需考虑与本国阵容武将特性的配合，例如吴国武将擅长火属性伤害，搭配机关鸟可以强化灼烧体系的连携；魏国阵容生存能力较强，搭配青鸾的治疗能进一步巩固持久战优势。根据战斗目标灵活调整上阵神兽，是发挥其最大效能的精髓。
神兽装备系统是对神兽能力的深度强化，合理搭配装备能显著放大神兽的战术价值。神兽装备分为兽爪、护符、项圈等部位，品质从橙、红到金乃至更高阶不等，高品质装备不仅提供更高的基础属性百分比加成，还附带珍贵的传奇属性。例如红色品质装备开始提供命中、闪避、暴击等特殊属性，而金色品质装备则进一步拥有伤害增加、伤害减免、竞技增伤等进阶属性。装备属性的选择应服务于整体阵容构建思路，可以遵循极限优势或补充短板的原则，例如追求爆发的蜀国阵容可优先选择增加破击率的装备，而生存压力较大的魏国则可侧重堆叠格挡率。装备主要通过讨伐神兽玩法获取，需要持续参与并保留带有核心百分比词条的装备进行培养。
游戏版本演进，紫金乃至虹金品质的神兽代表了顶级的战力与更复杂的技能机制，其使用需要更深入的理解。这类高阶神兽通常具备攻防一体、多线程增益的特点，技能效果往往能突破常规。例如紫金神兽离火天宫，其技能不仅具备高额全体伤害和不可清除的灼烧，还能为前排提供增加攻防加成的火盾并附带反伤效果。最新的虹金神兽如惑心蛊雕，其技能机制围绕护佑效果展开，能在开局保护前排，并在后续回合承担全队伤害。使用这些高阶神兽时，必须仔细研读其技能描述，理解护佑、灵契、虹御伤害等新机制，并根据其技能特点调整武将的站位和整体战术思路，才能完全发挥其扭转战局的强大能力。
