要进入口袋妖怪火红的二周目，玩家首先需要完成一周目的主要剧情，即击败四大天王并成为冠军，之后游戏会自动将玩家带回真新镇的家中，此时如果精灵图鉴的收集数量达到60种或大木博士会主动来访或玩家需要前往研究所对话，将图鉴升级为全国图鉴模式，从而正式开启二周目内容。
升级图鉴后，原本可以重复挑战的四天王暂时无法访问，因为成员科拿外出旅游，玩家需要从枯叶市的码头乘船前往一之岛，在一之岛的精灵中心与之前负责通讯机器的研究员对话，得知修复设备需要寻找红宝石，这标志着二周目冒险的正式开始。
在一之岛，玩家需前往灯火山区域，在右侧路径会遇到两名火箭队余党，击败他们后进入附近的洞穴，在最深处可以找到红宝石，拿到红宝石后返回精灵中心交给研究员，他会告知还需要另一块对应的蓝宝石，并赠送彩虹通行证，允许玩家在七岛之间自由穿梭以继续任务。
获得彩虹通行证后，玩家可以依次访问其他岛屿推进剧情，例如在四之岛可能遇到劲敌小茂但不会发生战斗，在五之岛需要进入火箭队仓库通过击败成员和输入密码找回蓝宝石，最终在七之岛有训练师塔供玩家挑战以提升战斗水平，同时完成岛屿间的探索任务。
二周目还包含了捕捉稀有宝可梦和探索新增区域的内容，例如在华蓝洞深处可以遇到超梦，或在特定岛屿捕捉火焰鸟、闪电鸟等传说宝可梦，这些元素扩展了游戏的可玩性，让玩家在完成主线后仍能享受丰富的后期体验。
